心理咨询师证书是由各个国家和地区的专业机构发放的，具体颁发机构因国家和地区而异，心理咨询师证书主要由以下几个部门颁发：

1、中国心理卫生协会：中国心理卫生协会(CPA)是中国心理咨询行业的权威组织，负责组织和开展心理咨询师的专业培训、考试和认证工作，CPA设有心理咨询师专业委员会，负责制定心理咨询师的培训大纲、考试内容和认证标准，参加CPA组织的心理咨询师培训课程并通过考试的考生，可以获得中国心理卫生协会颁发的心理咨询师资格证书。

2、各省、自治区、直辖市心理学会：各省、自治区、直辖市心理学会作为地方性的心理学组织，也会承担一部分心理咨询师的培训和认证工作，这些地方性心理学会通常会与中国心理卫生协会合作，共同组织心理咨询师的培训和考试，参加地方性心理学会组织的培训并通过考试的考生，可以获得地方性心理学会颁发的心理咨询师资格证书。

3、其他专业机构：除了上述两个主要的颁发机构外，还有一些其他的专业机构也负责颁发心理咨询师证书，中国青年志愿者协会、中国妇女发展基金会等公益组织开展的心理咨询培训项目，也会颁发相应的心理咨询师资格证书。

4、国际组织：随着全球化的发展，越来越多的国家和地区开始承认和推广心理咨询师证书，一些国际组织，如美国心理学会(APA)、英国皇家心理学会(RSA)等，也会发放心理咨询师证书，这些国际组织的证书在国际上具有较高的认可度，但在中国境内的认可度相对较低。

心理咨询师证书的发放机构因国家和地区而异，主要包括中国心理卫生协会、各省、自治区、直辖市心理学会以及其他专业机构，考生在选择培训机构时，应充分了解各机构的背景、资质和声誉，选择正规、专业的培训机构进行培训，考生还需关注相关政策的变化，以便及时了解心理咨询师证书的最新颁发情况。