高级农艺师证书是由国家农业农村部颁发的，是国家对农业技术人员的一种职业资格证书，该证书的获得需要经过一定的考试和实践经验的积累，目前，全国各省市都有相应的考试机构负责高级农艺师证书的考试和发放工作。

至于哪个部门办得好，这个问题比较主观，不同地区的考试机构可能存在差异，以下几个方面可以作为参考：

1、考试科目设置是否合理，高级农艺师证书的考试科目包括综合素质面试、专业知识笔试和实践操作考核三个部分，综合素质面试主要考察考生的语言表达能力、沟通能力和团队协作能力；专业知识笔试主要考察考生对农业相关知识的掌握程度；实践操作考核主要考察考生的实际操作技能，在选择考试机构时，应该关注其考试科目设置是否与自己的实际情况相符。

2、考试难度如何，高级农艺师证书的考试难度较大，需要考生具备扎实的专业知识和丰富的实践经验，在选择考试机构时，应该考虑其考试难度是否适合自己。

3、服务质量如何，高级农艺师证书的申请流程比较繁琐，需要考生提交大量的材料和参加多次面试，在选择考试机构时，应该关注其服务质量是否高效、周到。

4、费用标准如何，高级农艺师证书的申请费用较高，一般需要几千元不等，在选择考试机构时，应该了解其收费标准是否合理、透明。

选择哪个部门办理高级农艺师证书需要综合考虑多个因素，并且要根据自己的实际情况进行权衡和选择。