高级农艺师发证机构主要是指负责对农业技术人才进行评价、认证和发证的政府部门和相关机构，高级农艺师发证主要由以下几个部门负责：

1、农业农村部(MOA):农业农村部是中华人民共和国国务院的一个组成部门，主要负责制定农业和农村经济发展的政策、规划和法规，农业农村部下设多个司局，其中包括农业科技教育司、农业科技发展司等，这些司局负责对农业科技人才的培养、评价和发证工作。

2、各省、自治区、直辖市农业农村厅(局):各省、自治区、直辖市农业农村厅(局)是地方政府下属的部门，主要负责本行政区域内的农业和农村经济发展工作，各省、自治区、直辖市农业农村厅(局)下设农业科技处、农业技术推广站等机构，这些机构负责在本行政区域内开展农业科技人才的培训、评价和发证工作。

3、中国农业科学院、中国农业大学等高校：中国农业科学院、中国农业大学等高校是我国农业科技研究和人才培养的重要基地，这些高校设有农业科技学院、农业工程学院等相关专业，负责培养高级农艺师和其他农业科技人才，这些高校还设有农业科技研究所、农业技术推广中心等机构，负责开展农业科技研究和推广工作，对农业科技人才进行评价和发证。

4、国家职业技能鉴定中心：国家职业技能鉴定中心是人力资源和社会保障部下属的部门，主要负责全国范围内的职业技能鉴定工作，国家职业技能鉴定中心设有农业技能鉴定所，负责对农业技能人才进行评价和发证工作，包括高级农艺师在内的各类农业技能证书的颁发。

5、其他相关行业协会和组织：如中国农业技术推广协会、中国农民合作社协会等，这些协会和组织在农业科技人才的培训、评价和发证方面也发挥着重要作用。

高级农艺师发证机构涉及多个部门和机构，包括政府部门、高校、职业技术学院、行业协会等，这些部门和机构共同参与高级农艺师的培训、评价和发证工作，确保农业科技人才的专业素质和能力得到充分认可。