研学指导师证书颁发机构有很多，以下是一些比较知名的机构：

1、中国青少年研究中心：中国青少年研究中心是一个专门从事青少年研究的机构，其研学指导师证书是由该中心颁发的，该证书具有较高的权威性和认可度。

2、中国研学旅行教育网：中国研学旅行教育网是一个专门从事研学旅行教育的平台，其研学指导师证书是由该网站颁发的，该证书具有一定的权威性和认可度。

3、中国研学旅行协会：中国研学旅行协会是一个专门从事研学旅行行业的组织，其研学指导师证书是由该协会颁发的，该证书具有较高的权威性和认可度。

4、中国研学旅行研究院：中国研学旅行研究院是一个专门从事研学旅行研究的机构，其研学指导师证书是由该研究院颁发的，该证书具有一定的权威性和认可度。

5、中国研学旅行教育发展中心：中国研学旅行教育发展中心是一个专门从事研学旅行教育发展的机构，其研学指导师证书是由该中心颁发的，该证书具有一定的权威性和认可度。

6、中国研学旅行教育网联合体：中国研学旅行教育网联合体是一个由多个研学旅行相关机构组成的联盟，其研学指导师证书是由该联盟颁发的，该证书具有一定的权威性和认可度。

7、各省市旅游局：各省市旅游局也会颁发研学指导师证书，但其权威性和认可度相对较低。

8、各高校教育学院：各高校教育学院也会颁发研学指导师证书，但其权威性和认可度相对较低。

仅为部分知名机构，还有许多其他机构也会颁发研学指导师证书，如果您需要更多信息，请告诉我您需要了解哪些方面。