有中医医师资格证的针灸师在合法的情况下是可以进行针灸治疗的，根据《中华人民共和国执业医师法》和《中华人民共和国中医药法》，具备中医医师资格的人员，在取得相应的执业许可证后，可以从事中医药工作，包括针灸治疗。

我们需要了解什么是中医针灸，中医针灸是中医学的一个重要组成部分，是一种通过刺激人体特定的穴位来调整人体气血、阴阳平衡，从而达到预防和治疗疾病的目的的治疗方法，中医针灸的理论体系主要包括经络学说、脏腑学说、气血津液学说等，针灸操作方法主要包括毫针、刺络、灸法等。

有中医医师资格证的针灸师在从事针灸治疗时，需要遵循以下原则：

1、以病人为中心：针灸师应尊重病人的意愿，充分了解病人的病情、体质、年龄等情况，制定个性化的治疗方案。

2、安全第一：针灸操作过程中，针灸师应严格遵守操作规范，确保患者的安全，对于特殊人群，如孕妇、老年人、儿童等，针灸师应特别注意操作方法的选择和力度的控制。

3、科学合理：针灸师应根据病人的病情选择合适的穴位和操作方法，避免盲目追求疗效而造成不必要的损伤。

4、沟通协作：针灸师与其他医疗专业人员应保持良好的沟通与协作，共同为患者提供全面、高效的医疗服务。

有中医医师资格证的针灸师在从事针灸治疗时，还需要不断学习和提高自己的业务水平，可以通过参加各类培训班、学术会议、临床实习等方式，不断丰富自己的知识体系，提高自己的诊疗能力。

针灸师还需要注意自身的职业操守和道德修养，在工作中，要诚实守信、尊重患者、保守医密、遵守法律法规，为患者提供优质的医疗服务。

有中医医师资格证的针灸师在合法的情况下是可以进行针灸治疗的，他们需要具备扎实的中医理论基础、丰富的临床经验和良好的职业操守，为广大患者提供安全、有效、人性化的医疗服务。