农艺师资格证书的发放是由国家农业部门负责的，主要分为省级和国家级两个层级，具体的发证机构根据所在的省份和行业而有所不同，一般包括农业厅、农业局、农科院等单位。

省级农艺师资格证书的发放由各省、自治区、直辖市的农业厅或农业局负责，这些部门会定期组织考试，对符合条件的考生进行评审，并颁发相应的资格证书，在考试前，考生需要满足一定的报名条件，如具有相应的学历背景、工作经验等，考试内容包括理论知识和实践技能两部分，主要测试考生在农业生产、农产品加工、农业科技等方面的专业知识和实际操作能力。

国家级农艺师资格证书的发放则由国家农业农村部负责，国家农业农村部会定期组织全国性的统一考试，对通过考试的考生进行评审，并颁发国家级农艺师资格证书，与省级农艺师资格证书相比，国家级证书的含金量更高，代表着更高的专业水平和职业地位。

在获得农艺师资格证书后，考生还需要进行注册登记，具体操作流程一般如下：

1、持有农艺师资格证书的人员需向所在单位提出注册申请，填写《农业技术职称申报表》等相关表格。

2、所在单位审核申请人的资格和业绩，确认无误后将申请材料报送至当地农业部门或行业协会。

3、农业部门或行业协会对申请材料进行审核，符合条件的申请人将被列入注册名单。

4、申请人持相关证明材料到指定地点进行现场确认，完成注册登记手续。

需要注意的是，不同省份和行业的注册流程可能会有所差异，具体以当地的政策规定为准，随着农业技术的不断发展和更新换代，农艺师资格证书也需要不断更新和升级，建议广大农艺师保持学习的热情，不断提高自己的专业水平和综合素质，以适应社会的发展需求。