健康管理师的发证机关是指负责颁发健康管理师资格证书的政府部门或机构，健康管理师的发证机关主要由国家卫生健康委员会(原卫生部)和各省、自治区、直辖市卫生健康委员会(原卫生厅、局)共同负责，还有一些行业协会和培训机构也会参与健康管理师的培训和发证工作。

国家卫生健康委员会是中华人民共和国国务院组成部门之一，负责全国卫生和健康工作的领导、监督和管理，国家卫生健康委员会下设多个司局，其中包括职业卫生与放射卫生司、卫生应急办公室等，在职业卫生与放射卫生司下属的健康管理处，负责组织和实施全国范围内的健康管理工作，包括健康管理师的培训、考试和发证等工作。

各省、自治区、直辖市卫生健康委员会则是地方性的卫生行政部门，负责本行政区域内的卫生和健康工作，各省、自治区、直辖市卫生健康委员会下设多个处室，其中包括职业技能鉴定处、职业技能培训中心等，在职业技能鉴定处，负责组织和管理本地区的职业技能鉴定工作，包括健康管理师的培训、考试和发证等工作。

除了国家卫生健康委员会和各省、自治区、直辖市卫生健康委员会外，还有一些行业协会和培训机构也会参与健康管理师的培训和发证工作，中国健康促进会、中国健康教育中心等组织会定期举办健康管理师培训班，为有意向从事健康管理工作的人员提供专业的培训和指导，这些协会和培训机构在培训过程中，会邀请具有丰富经验的健康管理师进行授课，确保培训质量。

在获得健康管理师资格证书后，学员需要按照规定进行注册备案，具体操作流程一般为：学员将资格证书及相关材料提交给所在单位或所在省份的卫生健康委员会，经审核通过后，由卫生健康委员会将学员信息录入全国健康管理人员信息库，完成注册备案，注册备案后的学员方可在相关领域从事健康管理工作。

健康管理师的发证机关主要包括国家卫生健康委员会和各省、自治区、直辖市卫生健康委员会，以及一些行业协会和培训机构，这些机构共同负责健康管理师的培训、考试、发证和注册备案等工作，确保健康管理师的专业素质和行业规范。