保健理疗师证书是由多个国家和地区的专业机构颁发的，具体颁发机构因国家和地区而异，保健理疗师证书主要由以下几个部门颁发：

1、人力资源和社会保障部：人力资源和社会保障部是负责全国职业资格证书制度的主管部门，负责管理和监督全国职业资格证书的发放工作，保健理疗师证书属于职业技能等级证书，由人力资源和社会保障部颁发。

2、卫生健康委员会：卫生健康委员会是负责全国卫生和健康工作的政府部门，负责制定和实施卫生和健康政策、法规和标准，保健理疗师在开展工作时需要遵循相关法规和标准，卫生健康委员会会对保健理疗师的工作进行监管。

3、中医药管理局：中医药管理局是负责全国中医药事业的政府部门，负责制定和实施中医药政策、法规和标准，保健理疗师在开展工作时需要遵循相关法规和标准，中医药管理局会对保健理疗师的工作进行监管。

4、各省、自治区、直辖市人力资源社会保障厅(局):各省、自治区、直辖市人力资源社会保障厅(局)负责本行政区域内的职业资格证书管理工作，包括保健理疗师证书的发放和管理。

5、行业协会或学会：一些保健理疗相关的行业协会或学会也会颁发保健理疗师证书，以表彰在该领域有所建树的专业人才，这些协会或学会通常具有一定的权威性，但并非官方颁发机构。

6、培训机构：为了培养更多的保健理疗师，一些培训机构也会开设保健理疗师课程，并颁发相应的证书，这些证书在一定程度上可以证明学员具备了一定的保健理疗知识和技能，但可能不如官方颁发的证书具有权威性。

保健理疗师证书的颁发机构因国家和地区而异，但通常包括人力资源和社会保障部、卫生健康委员会、中医药管理局等政府部门，以及各省、自治区、直辖市人力资源社会保障厅(局)、行业协会或学会、培训机构等，在选择保健理疗师证书时，建议优先考虑官方颁发的证书，以确保所获得的证书具有权威性和认可度。