仓库管理员资格证书发证机关是指负责颁发仓库管理员资格证书的政府部门或机构，仓库管理员资格证书的发放主要由国家人力资源和社会保障部、各省市人力资源和社会保障局以及行业协会等相关部门负责。

国家人力资源和社会保障部是全国范围内仓库管理员资格证书的颁发机构，负责制定相关政策、规定和标准，对全国范围内的仓库管理员进行资格认证，根据《中华人民共和国职业技能法》和《职业技能鉴定条例》，国家人力资源和社会保障部负责组织实施全国范围内的职业技能鉴定工作，包括仓库管理员职业技能鉴定。

各省市人力资源和社会保障局在国家人力资源和社会保障部的指导下，负责本辖区内的仓库管理员资格证书的发放工作，各省市人力资源和社会保障局会根据国家人力资源和社会保障部的统一要求，制定具体的考试计划、报名条件、考试内容和标准等，并对本辖区内的考生进行资格审核、考试组织和证书颁发等工作。

行业协会作为行业内的专业组织，也会参与到仓库管理员资格证书的发放工作中，行业协会会根据国家和地方的相关政策、规定，组织会员单位开展仓库管理员职业技能培训和鉴定工作，协助人力资源和社会保障部门开展证书发放工作，行业协会还会对会员单位的仓库管理员进行行业内的评价和认证，提高行业整体水平。

仓库管理员资格证书发证机关是一个涉及多个政府部门、机构和行业协会的综合性体系，通过这个体系，可以确保仓库管理员资格证书的权威性和专业性，为广大仓库管理人员提供一个公平、公正的竞争平台，促进行业的发展和进步。