中医全科理疗师证书颁发机构是指负责对中医全科理疗师进行培训、考核和发证的组织，中医全科理疗师证书颁发机构主要由国家卫生健康委员会(原卫生部)和各省、自治区、直辖市卫生健康委员会共同负责，还有一些行业协会和专业机构也会参与中医全科理疗师证书的颁发工作。

国家卫生健康委员会(原卫生部)是中医全科理疗师证书颁发的主要机构，自2017年起，国家卫生健康委员会开始实施全国中医药健康服务能力提升工程，旨在加强中医药健康服务体系建设，提高中医药健康服务能力，在这一背景下，国家卫生健康委员会对中医全科理疗师的培训、考核和发证工作进行了全面规范和加强。

国家卫生健康委员会下属的职业资格考试中心负责组织中医全科理疗师的培训和考核工作，培训内容包括中医基础理论、基本技能、临床应用等方面的知识，考试内容包括理论考试和实践操作考试两部分，以确保参训人员具备扎实的中医理论基础和实际操作能力。

在各省、自治区、直辖市卫生健康委员会，也会设立相应的中医药管理部门，负责本地区的中医全科理疗师培训、考核和发证工作，这些部门会与国家卫生健康委员会职业资格考试中心密切配合，确保中医全科理疗师证书的权威性和有效性。

一些行业协会和专业机构也会参与中医全科理疗师证书的颁发工作，中国中医科学院、中华中医药学会等学术机构会定期组织中医全科理疗师的培训和考核活动，以提高中医全科理疗师的专业水平，一些医药企业、医疗器械公司等也会开展相关培训和认证工作，以满足市场需求。

中医全科理疗师证书颁发机构是一个涉及多部门、多层次的体系，包括国家卫生健康委员会及其下属职业资格考试中心、各省、自治区、直辖市卫生健康委员会以及行业协会和专业机构等，这一体系的建立和完善，有助于推动中医全科理疗师的专业发展，提高中医药健康服务水平，更好地服务于人民群众的健康需求。