食品质量管理师证书是由国家相关部门颁发的，主要是为了规范食品生产、加工、销售等环节的质量管理工作，保障食品安全，维护消费者的合法权益，食品质量管理师证书的发证部门主要包括以下几个方面：

1、国家市场监督管理总局：国家市场监督管理总局是国务院直属的部门，主要负责全国市场监管工作，包括食品生产、流通、消费等领域的监管，国家市场监督管理总局下设有食品生产监管司、食品经营监管司等部门，负责食品质量管理师证书的发证工作。

2、地方市场监管部门：各省、自治区、直辖市市场监管部门是地方食品质量监管部门，主要负责本行政区域内的食品生产、流通、消费等领域的监管工作，地方市场监管部门也会参与食品质量管理师证书的发证工作，对申请人进行资格审查，确保食品质量管理师的专业素质和能力。

3、行业协会和认证机构：食品行业协会和认证机构在食品质量管理师证书的发证过程中也起到了重要作用，这些协会和认证机构通常会制定食品质量管理师的培训、考核、认证等标准和程序，为食品质量管理师提供专业培训和认证服务，这些协会和认证机构还会与国家市场监督管理总局等政府部门密切合作，共同推动食品质量管理师证书的发证工作。

食品质量管理师证书的发证流程主要包括以下几个步骤：

1、申请：符合食品质量管理师证书申请条件的人员，可以向国家市场监督管理总局或地方市场监管部门提交申请，提交个人简历、学历证明、工作经历等相关材料。

2、资格审查：国家市场监督管理总局或地方市场监管部门会对申请人的资格进行审查，包括学历、工作经历、专业知识等方面的考核，确保申请人具备食品质量管理师的基本素质和能力。

3、培训和考核：通过资格审查的申请人需要参加食品质量管理师的培训和考核，培训和考核通常由食品行业协会和认证机构组织，内容包括食品安全法律法规、食品质量管理体系、食品安全风险评估等专业知识。

4、认证：通过培训和考核的申请人，可以获得食品质量管理师的认证，认证证书由国家市场监督管理总局或地方市场监管部门颁发，具有法律效力。

5、持证上岗：获得食品质量管理师证书的人员，可以在食品生产、加工、销售等环节从事质量管理工作，持证上岗的食品质量管理师，需要遵守食品安全法律法规，履行食品安全管理职责，确保食品质量安全。

食品质量管理师证书是由国家市场监督管理总局及其下属部门、地方市场监管部门、食品行业协会和认证机构共同发证的，食品质量管理师证书的发证工作旨在规范食品质量管理工作，提高食品质量安全水平，保障消费者的合法权益。